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《赤水玄珠》全称《赤水玄珠全集》，又名《孙氏医书三种》，是明代孙一奎撰医书。刊于万历十二年（1584)。现存刻本有明副本、四库全书本、1914年上海著易堂书局铅印本、1986年人民卫生出版社点校本等10多种。
全书共37卷，《赤水玄珠》30卷，分76门，随证附方，兼述医理，内容囊括内、外、妇、儿各科病证七十余门。本书以明证为主，广辑《内经》及其后170余种医著，结合自己经验，编撰成书。
《医旨绪余》2卷，为《赤水玄珠》续编。上卷44篇，下卷26篇。集诸家之说，辩论脏腑、气血、经络、腧穴。体例概先以《内经》及各家学说为引，继而参合个人临证经验分述理法方药，另对古今病证、病名相混淆之处，亦有论述。书中记载了孙氏所创温补下元的“状元汤”、“状元散”等方药，在临证施治上反映了孙氏“命门动气论”理论的创见。阐述太极、阴阳、五行，解释命门、相火、三焦之意。对前代诸家学说，评述较为公允。
《孙氏医案》又名《孙文垣医案》，5卷。由子泰来、明来及门人余煌等整理而成。按孙氏行医地区顺序编写，分《三吴治验》2卷、《新都治验》2卷、《宜兴治验》1卷。共集医案300多例，各案以时间为序，少叙医理，多论证治，与前两书相辅相成。
本书汇集明代以前诸家之粹，所论精辟，是一部有参考价值的综合性医书。是一部能够全面而系统反映孙一奎毕生临证经验的医书，适宜藉此进行孙氏学术思想及临证经验的整理和研究，适合在读中医学子、临床中医师及有一定中医学基础知识的中医爱好者阅读参考。
