蚩尤是炎帝的苗裔，在涿鹿之野那场神国的战争中，炎帝被黄帝打败了，迫于无奈退居南方，蚩尤也被俘虏而做了黄帝的臣子。蚩尤天生勇猛，对炎帝的失败很不甘心，他部族的人也都和他一心，愿意听他的调遣。
于是，蚩尤族的人去见了夸父族的人，请求他们助一臂之力。夸父族人意见不一，一部分表示对于这种战争并没有多大兴趣，另一部分觉得这正是替弱者打抱不平的好机会。那些愿意打抱不平的人就都参加到这场战争里去了。
蚩尤族人得了夸父族人的帮助，实力和士气重新壮大起来，真是如虎添翼，又和黄帝的军队势均力敌、相持不下了。
黄帝对于夸父族人加入战争，十分恼怒，但一时想不出什么好的办法来对付，接连吃了好几个败仗。他很颓丧，战场上蚩尤族的人又在吹烟喷雾了，烟雾虽不算大，但是东一处、西一处，隐蔽着夸父和蚩尤们出其不意的袭击，时常令黄帝的军队措手不及。
黄帝没有办法，干脆把军队暂时交给他手下的大将力牧指挥着，自己却跑到前些时候会合天下鬼神的泰山上去躺卧起来，好静静地想一想对付蚩尤的计谋。
这时，从天上飞来一个自称“玄女”的鸟身人头的妇人，她见了黄帝之后，说自己是天上得道的女仙，来指点他兵法。黄帝正苦于无计可施，听她这么一说，自然是喜出望外，求之不得，一时间烦恼尽除，喜上眉梢。他先向玄女致谢之后，马上虚心地向她学习种种神奇奥妙的兵法。
黄帝得了玄女的援助，从此行军布阵变化高深莫测。同时又得到了昆吾山的火一样的红铜，用来打造宝剑。这种宝剑造成之后，就变成青色，寒光四射，水晶般的 透明，有削铁如泥般的锋利。黄帝一下子得到了兵法，又得到了武器，霎时间军威大振，很快战局就发生了变化。蚩尤族和夸父族的人虽然勇猛有余，但智慧不足， 究竟敌不过黄帝的谋略，终于还是失败了。
在最后一场战争中，蚩尤和夸父剩下的队伍被黄帝的军队重重包围。这时黄帝阵中的神龙“应龙” 大显神威，他翱翔天空，嘎嘎地怪叫，杀死一个个无路可逃的蚩尤族人，又杀死许多夸父族人。黄帝的军队合围上来，那个“力拔山兮气盖世”的铜头铁额的蚩尤首 领，也没有逃脱被活捉的命运。
应龙虽然替黄帝建立了赫赫功勋，但却受了“邪气”的侵袭，也和天女魃一样，再也上不了天，他的主人似乎也像忘记自己的女儿一样，将他忘到九霄云外去了。从此他就只好悄悄地到南方的山泽里去居住，所以至今南方多雨。
黄帝当然不会宽恕被活捉的军队首领蚩尤，所以立即就在涿鹿这个地方将他杀掉。杀他时候还不敢把他手脚上的枷锁马上除去，担心他逃跑。直到已经将他杀死 了，才从他身上摘下血染的枷锁，抛掷在大荒之中。后来这刑具化作了一片枫林，枫林里的每一片树叶的颜色都是鲜红的，那便是蚩尤身上迸溅出来的斑斑血迹，直 到现在还在诉说着他的悲愤。
黄帝轩辕战蚩尤的故事
在一阵火力准备之后，黄帝向蚩尤发起猛攻。
蚩尤率领弟兄八十一人，挥舞石斧和木棒，头戴牛角，身披牛皮，进如锋矢，战如雷霆猛冲黄帝，煞是厉害。
虎背熊腰、血胆鹰扬的蚩尤族战士，在呼啸冲杀之中，生死相搏，奋厉逞强，狠剁黄帝族人头。到处是哀嚎，到处是流血。黄帝落花流水，认识到自己所发动的是一场山猫对老虎的进攻。黄帝不断遭受重创，向北退至涿鹿大本营，凭借着一个带有土围子的城固守，用以消耗蚩尤，位置在北京官厅水库以西七十里，涿鹿县地区，叫做黄帝城。
遗址显示，黄帝城有五百米见方，现存三五米高的夯土城围。如果你去那里的话，还可以拣到石斧，也许是黄帝抡过的。
这时应龙向黄帝献策说：“我们筑堤蓄水，再决堤放水，足以把蚩尤的营地淹为汪洋!”
黄帝觉得这个馊主意很好，就让应龙带领一拨工程队在灵山河谷施工，垒石筑坝蓄水。应龙具有驱动地面流水的神力，他截取灵山河水，秘密蓄积水位。可是他的蓄水工程做了一半，却赶上天降暴雨，大坝一下子决堤了，洪水以排山倒海之势，呼啸飞奔，裂岩荡崖，直冲应龙自己，顺势淹向了黄帝大本营。
蚩尤则灵活转移，不受大害。黄帝之人却都泡在水里，自相践踏，哭天叫地，多成水下之鬼。
大雨月久不息，黄帝泡得受不了，也赶紧动用自己的神异功能，从天上下载了一位很危险的神祇——女魃（念拔）。女魃长得外陋内慧，是个丑女，穿着青色衣服，眼睛水汪汪，牙齿不是很暴，身高1.85米，跑得有点快，脑袋顶是秃的（因为被烈日烤的缘故）。因为长得丑，老找不到对象，脾气变得火爆，所到之处立刻大旱（所以她又叫旱魃）。
女魃从天上一跑下来，雨水顿时止住，积水很快蒸发，把黄帝的人从泽国打捞出来。女魃完成使命之后，却因为能量消耗巨大，上不去天了，从此留在人间为虐，成为旱魃。她跑到哪儿就土地龟裂，庄稼渴死。人们只好修庙求她，让她搬家走开。她如果不开恩，人们就表演“斩旱魃”的戏吓唬她，方才奏效。后来女魃在人们劝说下，去了河西走廊一带定居，导致当地沙漠化严重，并且她时常跑回北方捣乱。
黄帝请外援请上了瘾，除了女魃，西王母也跑来叫他引兵布阵。黄帝以前不懂结阵，被蚩尤的牛角阵击溃，经过西王母面授，他非常有体会，知道打仗不是他所理解的揪头发挖眼睛使劲拿脚踹了。
最后的决战在一个狂风大作的黄沙天进行（就是北京这样的沙尘暴天）。蚩尤属于外来者，不辨东西，黄帝则熟悉本地地形，而且还有传说中的指南车帮助分辨方向。
按照司马迁等人的说法，黄帝放出虎、豹、狼、熊、罴（马熊）、貔貅（一种豹子）为前驱，配合几千名战士，以压倒优势的兵力，伴着夔鼓的轰鸣，向蚩尤的残疲之兵发动猛烈冲击，势若狂风骤雨，一举将其击溃。人熊、马熊闻着味儿，把黄沙中疲惫已极的东夷人追着乱咬。蚩尤力竭，被一举擒住。
蚩尤被押到黄帝军中夔鼓下，这是行刑杀人的地方了（后代军队里杀人都在鼓下，因为鼓声传递信号，是军士最瞩目的地方）。蚩尤被杀于夔鼓下，为了预防他变成妖精，黄帝就把蚩尤body肢解，分处安葬，以防他在地下造反。所以今天山东郓城、山东巨鹿县、河北成安、山西运城都有蚩尤冢。
